Внешняя экспертная оценка теста RT-PCR для обнаружения SARS-CoV-2 выявляет 10 существенных научных недостатков на молекулярном и методологическом уровне: Последствия ложноположительных результатов.
Дорогой читатель, сегодня мы начнем с цитаты профессора Альберта Эйнштейна, (из радиопередачи United Jewish Appeal, 11 апреля 1943 г.):
«Погоня за истиной и знанием - одна из самых прекрасных вещей, на которые способен человек, даже если гордость за это стремление в основном на устах тех, кто менее всего наполнен такими стремлениями».
Мир существует уже почти год Пандемия короны заняты. Было принято очень много мер по контролю над ситуацией. Мы в команде DTT Science-Tank никогда не затрагивали тему пандемии короны. Причина довольно проста. Чтобы сформировать научное мнение по теме, вам нужен здоровый и уважительный спор, особенно в области науки. Хорошие ученые всегда так поступали. Если вы просто посмотрите на историю квантовой физики и различные легендарные распри между учеными, вы узнаете, как работает наука. К сожалению, произошло в настоящее время Коронный кризис До сих пор не устал от настоящих споров.
Здесь нет необходимости упоминать, что в основе различных мер правительства ПЦР-тесты представляют.
Работа опубликована в начале 2019 года: Обнаружение нового коронавируса 2019 года (2019-nCoV) с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени - здесь (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)
Авторы:
Виктор М. Корман, Ольферт Ландт, Марко Кайзер, Ричард Моленкамп4, Адам Мейер, Даниэль К.В. Чу6, Тобиас Блейкер1, Себастьян Брюнинк, Джулия Шнайдер, Мари Луиза Шмидт1, Дафна Джи-Си-Си Малдерс4, Барт Л. Хагманс, Бас ван дер Веер, Шарон , Лиза Вейсман, Габриэль Годерски, Жан-Луи Рометт, Джоанна Эллис, Мария Замбон, Малик Пейрис, Герман Гуссенс, Шанталь Реускен, Марион П.Г. Купманс, Кристиан Дростен
известен. Это было и, возможно, остается главным спусковым крючком для выполнения ПЦР-тесты.
Не вдаваясь в подробности работы, хотелось бы остановиться на одном Обзор отчета обратить внимание:
Источник изображения: Pixabay
Внешняя экспертная оценка теста RTPCR для обнаружения SARS-CoV-2 выявляет 10 основных научных недостатков на молекулярном и методологическом уровне: последствия ложноположительных результатов - здесь (https://cormandrostenreview.com/report/)
авторы:
Питер Боргер, Бобби Раджеш Малхотра, Майкл Йидон, Клэр Крей, Кевин МакКернан, Клаус Стегер, Пол МакШихи, Лидия Ангелова, Фабио Франки, Томас Биндер, Хенрик Ульрих, Макото Охаши, Стефано Скольо, Марджолейн Дусбург-ван Клеа Клемент, Рут Шруфер, Бербер В. Пиксма, Ян Бонте, Бруно Х. Далле Карбонар, Кевин П. Корбетт, Ульрике Каммерер
Статья представляет собой перевод основных моментов обзора на немецкий язык: Источник (https://cormandrostenreview.com/report/):
Внешняя экспертная оценка теста RT-PCR для обнаружения SARS-CoV-2 выявляет 10 существенных научных недостатков на молекулярном и методологическом уровне: Последствия ложноположительных результатов.
В публикации под названием "Обнаружение нового коронавируса 2019 года (2019-nCoV) с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) авторы предоставляют рабочий процесс диагностики и протокол RT-qPCR для обнаружения и диагностики 2019-nCoV (теперь известного как SARS-CoV2), который, по их утверждениям, проверен и предоставляет надежную диагностическую методологию для использования в лабораториях общественного здравоохранения. Принимая во внимание последствия этой публикации для обществ во всем мире, группа независимых исследователей выполнила поэтапный обзор указанной публикации, в котором
1) все компоненты представленного дизайна тестирования прошли перекрестную проверку,
2) Рекомендации протокола RT-qPCR прошли оценку на предмет надлежащей лабораторной практики
и
3) параметры были изучены с использованием соответствующей научной литературы в данной области.
Это опубликовано Протокол RT-qPCR для обнаружения и диагностики 2019-nCoV и в рукописи есть многочисленные технические и научные ошибки, включая неадекватный дизайн праймера, проблемный и неадекватный Протокол RT-qPCR и отсутствие точного Проверка теста. Ни представленный тест, ни сама рукопись не соответствуют требованиям для приемлемой научной публикации. Кроме того, не упоминаются серьезные конфликты интересов авторов. Наконец, очень короткий период времени между подачей и принятием публикации (24 часа) предполагает, что систематическое Процесс экспертной оценки здесь либо не проводился, либо имеет проблемно низкого качества. Мы предоставляем убедительные доказательства нескольких научных недостатков, Недостатки и недоработки.
Ввиду изложенных здесь научных и методических недостатков мы уверены, что редакция журнала Евронаблюдение нет другого выбора, кроме как опубликовать отозвать.
КРАТКИЙ КАТАЛОГ ДЕФЕКТОВ, НАЙДЕННЫХ В БУМАГЕ
Das Бумага Кормана-Дростена содержит следующие конкретные ошибки:
1. В этом протоколе нет конкретной причины для использования этих чрезвычайно высоких концентраций праймеров. Описанные концентрации приводят к увеличению неспецифического связывания и амплификации продуктов ПЦР, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для обнаружения вируса SARS-CoV-2.
2. Шесть неопределенных шатких положений приводят к огромному разнообразию реальных лабораторных реализаций этого теста; сбивающее с толку и неопределенное описание в статье Кормана-Дростена не подходит в качестве стандартного рабочего протокола, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.
3. Тест не может отличить вирус целиком от вирусных фрагментов. Следовательно, тест не может использоваться в качестве диагностического инструмента для интактных (инфекционных) вирусов, что означает, что тест не подходит в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2 и позволяет сделать выводы о наличии вируса. инфекционное заболевание.
4. Разница в 10 ° C относительно температуры отжига Tm для пары праймеров 1 (RdRp_SARSr_F и RdRp_SARSr_R) также делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.
5. Фатальной ошибкой является отсутствие значения Ct, при котором образец считается положительным и отрицательным. Это значение Ct также не встречается в последующих приложениях, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для обнаружения вируса SARS-CoV-2.
6. Продукты ПЦР не прошли валидацию на молекулярном уровне. Этот факт делает протокол непригодным для использования в качестве специального диагностического инструмента для обнаружения вируса SARS-CoV-2.
7. Тест ПЦР не содержит ни однозначного положительного контроля для оценки его специфичности в отношении SARS-CoV-2, ни отрицательного контроля, чтобы исключить присутствие других коронавирусов, что делает тест специфическим диагностическим инструментом для выявления SARS-CoV-2. Вирус не подходит.
8. Схема теста в статье Кормана-Дростена настолько расплывчата и ошибочна, что можно пойти в десятках разных направлений; нет ничего стандартизированного и нет СОП. Это серьезно ставит под сомнение научную обоснованность теста и делает его непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.
9. Скорее всего, статья Кормана-Дростена не прошла рецензирование, что сделало тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.
10. Мы находим серьезные конфликты интересов по крайней мере у четырех авторов, в дополнение к тому факту, что двое из авторов статьи Кормана-Дростена (Кристиан Дростен и Шанталь Реускен) являются членами редакционной коллегии Eurosurveillance. 29 июля 2020 г. был добавлен конфликт интересов (Ольферт Ландт - управляющий директор TIB-Molbiol; Марко Кайзер - старший научный сотрудник GenExpress и научный консультант TIB-Molbiol), что не было заявлено в исходной версии (и в PubMed -Version все еще отсутствует); TIB-Molbiol - компания, которая «первой» произвела наборы для ПЦР (Light Mix) на основе протокола, опубликованного в рукописи Кормана-Дростена, и, по ее собственным словам, продала эти наборы для ПЦР-тестов еще до публикации [20 ]; Кроме того, Виктор Корман и Кристиан Дростен не упомянули о своей второй принадлежности: коммерческой испытательной лаборатории Labour Berlin. Оба отвечают за диагностику вирусов [21], а компания активно занимается тестированием ПЦР в реальном времени.
ВЫВОД
Решение о том, какие протоколы испытаний следует опубликовать и сделать общедоступными, находится в руках Евронаблюдения. Решение признать ошибки, очевидные в исследовании Кормана-Дростена, имеет то преимущество, что в будущем затраты и страдания людей будут значительно сведены к минимуму.
Разве не в интересах Евронаблюдения отозвать этот документ? Наш вывод ясен. Учитывая все огромные недостатки и недостатки конструкции протокола ПЦР, описанные здесь, мы делаем вывод, что в рамках научной честности и ответственности особого выбора не остается.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
[1] Корман Виктор М., Ландт Ольферт, Кайзер Марко, Моленкамп Рихард, Мейер Адам, Чу Даниэль К.В., Блейкер Тобиас, Брюнинк Себастьян, Шнайдер Джулия, Шмидт Мари Луиза, Малдерс Дафна Дж. Дж. К., Хаагманс Барт Л., ван дер Вир Бас, ван ден Бринк Шарон, Вейсман Лиза, Годерски Габриэль, Рометт Жан-Луи, Эллис Джоанна, Замбон Мария, Пейрис Малик, Гуссенс Херман, Реускен Шанталь, Купманс Марион П.Г., Дростен Кристиан. Обнаружение нового коронавируса 2019 года (2019-nCoV) методом ОТ-ПЦР в реальном времени. Euro Surveill. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
[2] Электронная почта между Dr. Питер Боргер и доктор Адам Мейер: Дополнительные материалы
[3] Джафаар и др., Корреляция между 3790 количественной полимеразной цепной реакцией - положительными образцами и положительными культурами клеток, включая 1941 изолятов коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603
[4] BBC, 21 января 2020 г .: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Архив: https://archive.is/0qRmZ
[5] Google Analytics - COVID19-смертельные случаи во всем мире: https://bit.ly/3fndemJ
Архив: https://archive.is/PpqEE
[6] Лабораторные испытания Технического центра реагирования на COVID-19, НИВД под
Центр контроля заболеваний Китая, 15 марта 2020 г .: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf
[7] Справочник по технологиям ПЦР в реальном времени: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Нолан Т., Хаггетт Дж., Санчес Э. Практическое руководство по применению количественной ПЦР (qPCR) Первое издание 2013 г.
[8] Трестан Пиллонел и др., Письмо в редакцию: обнаружение SARS-CoV-2 с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/
[9] Куркела, Сату, и Дэвид В.Г. Браун. «Молекулярно-диагностические методы». Медицина 38.10
(2009): 535-540.
[10] Вольфель и др., Вирусологическая оценка госпитализированных пациентов с COVID-2019.
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x
[11] Веб-инструмент Thermofischer Primer Dimer: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html
[12] Primer-BLAST, NCBI - Национальный центр биотехнологической информации: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
[13] Марра М.А., Стивен Дж.М.Дж., Кэролайн Р.А., Роберт А.Х., Анджела Б.В. и др. (2003) Наука. Последовательность генома коронавируса, ассоциированного с SARS. Наука 300 (5624): 1399-1404.
[14] Изолят коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома Ухань-Ху-1, полный геном: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
[15] Боргер П. Ожидался коронавирус, похожий на атипичную пневмонию, но ничего не было сделано для подготовки. На J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared; Архив: https://archive.is/i76Hu
[16] Процесс оценки / рассмотрения документов Евронадзора: https://www.eurosurveillance.org/evaluation
[17] Официальная рекомендация протокола Кормана-Дростена и рукопись ВОЗ, опубликованные 13 января 2020 года как версия документа 1.0: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -испытание-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH
[18] Официальная рекомендация ВОЗ для протокола RT-qPCR Кормана / Дростена, которая непосредственно заимствована из публикации Eurosurveillance версии 2-1, опубликованной
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2
[19] Редакционная коллегия Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; Архив: https://bit.ly/2TqXBjX
[20] Инструкции по применению LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 января 2020 г .: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .pdf
Архив, отметка времени - 11 января 2020 г .: https://archive.is/Vulo5; Архив: https://bit.ly/3fm9bXH [21] Кристиан Дростен и Виктор Корман, ответственные за вирусную диагностику в Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/ Архив: https://archive.is/CDEUG
[22] Том Джефферсон, Элизабет Спенсер, Джон Брасси, Карл Хенеган Вирусные культуры для оценки инфекционности COVID-19. Регулярный обзор. Систематический обзор doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4
[23] Ким и др., Архитектура транскриптома SARS-CoV-2: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062
[24] Ответ ECDC доктору Питер Боргер, 18 ноября 2020 г .: Дополнительные материалы
[25] Проф. Ульрике Каммерер и команда, исследование и таблица Primer-BLAST